职于新宿区政府的宫古新，本应成为一个普通的公务员，却被调遣到了一个东京23区各区都无人知晓的“夜间地区交流科”工作。工作的内容是，解决各种妖怪们引起的超自然事件。与部门的前辈即课长榊京一，和狂热爱好超自然现象的姬冢圣央一起，每日与超越人类常识的存在相处，日日夜夜出勤工作。

《深夜的超自然公务员》是一部日本动画，改编自原作小说。以下是详细的简介：

故事发生在一个现代化的日本城市，名叫姬路市。在这个城市中存在着许多超自然现象，包括妖怪、鬼魂和其他不可思议的存在。为了应对这些超自然事件，政府设立了一支特殊的机构，称为超自然公务员部门。

主人公是一位名叫濑那泽阳人的年轻男子。他原本是一个普通的上班族，但在一次偶然的事件中，他目睹了一只妖怪的存在。这个经历改变了他的生活，并使他被选拔成为一名超自然公务员。

作为一名超自然公务员，阳人的任务是调查并解决各种超自然事件。他被派往姬路市的各个角落，与各种奇怪的生物和鬼魂进行交互。他与其他公务员一起工作，共同努力保护人类世界免受超自然力量的威胁。

在调查的过程中，阳人逐渐发现了自己身上隐藏的一些特殊能力，这些能力对于解决超自然事件非常重要。他也结识了其他具有特殊能力的公务员和一些非凡的人类，他们共同面对着各种奇怪的挑战。

《深夜的超自然公务员》融合了超自然、奇幻和冒险的元素，充满了悬疑和紧张的情节。它展现了一个与日常世界平行存在的超自然世界，同时探讨了人类与超自然力量之间的关系和平衡。通过主人公的经历，观众可以感受到日本民间传说和神秘故事的魅力，同时也体验到他们与现实世界的交织和冲突。